Nationalmannschaft
Für die Schweizer Fußballnationalmannschaft ist Frei unverzichtbar. In 26 Länderspielen schoss er 15 Tore. 5 davon in der Qualifikation zur EM 2004. Im EM-Spiel vom 17. Juni 2004 gegen England sorgte er im Nachhinein für Aufsehen: Auf ein Foul des englischen Spielers Steven Gerrard hin hatte er diesem in der 77. Minute in den Nacken gespuckt. Zwar leugnete Frei dies zunächst hartnäckig und wurde mangels klarer Beweise von der UEFA auch freigesprochen, doch tauchten am 20. Juni Fernsehaufnahmen auf, die die Unsportlichkeit eindeutig belegten. Daraufhin wurde Frei am 21. Juni von der UEFA für 15 Tage von allen Spielen der Nationalmannschaft gesperrt und äußerte sich nicht mehr in der Öffentlichkeit.
Bei der Wiederaufnahme des Verfahrens durch die UEFA am 14. Juli 2004 in Nyon behauptete Frei, er habe dem Schweizerischen Fussballverband gegenüber von Anfang an die Wahrheit zugegeben, sei jedoch von diesem zur Lüge angehalten worden.